Maincounter iterate.m

From 2006.igem.org

function maincounter_iterate(K, kd)

%clear all;
%close all;


%default:
% n  = 3;
% nSa  = 3;
% nSr  = 3;
% K  = 5;
% KSa  = 5;
% KSr  = 5;
% k  = 2;
% kd  = 1;
% period = 30;

n  = 1;  % keine Kooperativität der Zinkfinger -> alle n immer = 1
nSa  = 3; % Kooperativität von S (als Aktivator)
nSr  = 3; % Kooperativität von S (als Repressor)
%K  = 50; % in K_kd_iterate.m festgelegt
KSa  = 5; % Affinität
KSr  = 5;
k  = 2;
%kd  = 0.3; % in K_kd_iterate.m festgelegt
period = 30;

para = [n,nSa,nSr,K,KSa,KSr,k,kd,period];
y0 = [2,0,0,0];
opt = odeset('RelTol',1e-3,'AbsTol',1e-6);

% stepsize
 tstep = 0.2;
% duration
tfinal = 600;

% run computation
[t,y] = ode15s('ode_counter',[0:tstep:tfinal],y0,opt,para);

s = input_signal([0:tstep:tfinal],period);

param=[K;kd];
v = jury(y, [0:tstep:tfinal], period, tstep, tfinal, param);