Talk:IPN UNAM 2006

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(→Avisos de interés para el grupo IPN-UNAM (Actividades y Reuniones))
 
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Como comentaba en el correo anterior, a mi me parece que seria muy
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en la parte experimental nos platicaran como van.
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En particular a mi me parece que es hora de diseñar el (los) circuitos
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Hay propuestas de fechas, horas, lugar, etc.?
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Saludos,
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Pablo
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'''Temas de investigacion para alumnos del IPN y UNAM con automata celular'''
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1. Automata celular con memoria
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Realizar un estudio inicial basado en automata celular con memoria. Como son determinados y cuales son las tecnicas para su manipulacion. Iniciando en el caso de una dimension.
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El prof. experto es espa&ol y podemos tener acceso con el directamente desde: http://uncomp.uwe.ac.uk/alonso-sanz/index.html
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2. Sistemas de reaccion-difusion con automata celular
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Realizar un estudio donde los modelos de reaccion-difusion se producen. Estos pueden encontrarse en fenomenos fisicos, quimicos o biologicos. Determinar la aplicacion de estos sistemas para procesos controlados en especifico con automata celular.
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El prof. experto es ingles y podemos tener acceso a algunas publicaciones desde: http://uncomp.uwe.ac.uk/adamatzky/papers.html
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3. Sistemas auto-reproductivos con automata celular
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Realizar un estudio sobre las funciones con capaciodad de auto-reproduccion en automata celular y relacionar estos resultados con procesos analogos en el mundo real.
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El problema es un poquito mas dificil pero muy interesante. El prof. experto es japones y podemos utilizar algunos papers desde: http://www.iec.hiroshima-u.ac.jp/~imai/page7/page7.html
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4. Construccion de polymers
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Determinar que automata celular tiene las capacidades para simular la construccion de polymers, describiendo la secuencia que codifica una proteina en particular.
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Algunas simulaciones directas son realizadas por Bar Yam en su libro Complex Systems.
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Cellular automata for polymer simulation with application to polymer melts and polymer collapse including implications for protein folding
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Source    Parallel Computing archive
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Volume 27, Issue 5 (April 2001)
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Special issue on cellular automata: from modeling to applications
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Pages: 613 - 641
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Year of Publication: 2001
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ISSN:0167-8191
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Authors: B. Ostrovsky, G. Crooks, M. A. Smith and Y. Bar Yam
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Publisher: Elsevier Science Publishers B. V.  Amsterdam, The Netherlands, The Netherlands
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5. Vida artificial con automata celular
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Estudiar y determinar la relacion que existe entre vida artificial y automata celular complejo. Determinar su complejidad en base a otras teorias y proponer
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reglas de evolucion que cumplan con las condiciones necesarias para tener vida artificial en un espacio celular.
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El tema es amplio y no se tiene una amplia literatura, sin embargo es muy bueno comenzar con: http://linas.org/plants/observe.html
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Ademas, en el caso de los temas 1 y 5, se pueden direccionar en la busqueda de "patrones Turing."
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Deseo que podamos captar alumnos interesados y colaborar como director externo en estos trabajos con los profesores. Para de esta manera tender una linea entre la Universidad de West de Inglaterra y las escuelas en Mexico.
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Rafael Peña Miller
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Subject: [iGEM-IPN-UNAM]
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Estimados poliunamitas,
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Estoy absolutamente de acuerdo con Pablo acerca de la necesidad de discutir y definir una postura respecto a las implicaciones éticas, legales y sociales de la biología sintética. Por lo pronto les hago extensiva la invitación a asistir a la mesa redonda organizada por la Unión de Científicos Comprometidos con la Sociedad, respecto a los argumentos planteados por las compañías que producen y distribuyen maíz transgénico, así como la propuesta de utilizar estas semillas en México para aumentar la producción de maíz blanco y amarillo.
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Maíz y consumo popular: transgénicos y especulación Mesa redonda y debate públicos 7 de febrero del 2007 a las 6 PM; Casa de la Cultura, San Angel (Avenida Revolución y calle del Arenal)
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Los ponentes y los temas que tratarán serán:
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Dra. Alejandra Covarrubias (Instituto de Biotecnología de la UNAM y UCCS): Biología molecular de plantas: Incertidumbres en torno a la creación de las lineas de maíz transgénico que actualmente ofrecen las compañías que los comercializan. Dr. Daniel Piñero Dalmau (Instituto de Ecología de la UNAM): Ecología y genética de poblaciones de plantas ¿Es posible la coexistencia de cultivos transgénicos y no transgénicos sin contaminación de los
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segundos una vez que se libere el MT al ambiente mexicano? Dr. Antonio Turrent (INIFAP y UCCS): Sistemas de producción de maíz en México y mejoramiento autóctono del maíz:  ¿Hay potencial para aumentar la productividad de maíz en México? ¿Los transgénicos que ofrecen las
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corporaciones agrícolas son imprescindibles para ello? Dr. Alejandro Espinosa (INIFAP y UCCS): Mejoramiento agronómico de maíces criollos e híbridos mexicanos; abasto de semillas. Esquemas de abastecimiento alternativos de semillas, distorsiones del mercado y precios de semillas de maíz. La ley de semillas en México. Dr. Armando Bartra (Desarrollo Rural Maya, A.C.): Socioeconomía de la producción maicera en México. Pequeños productores vs agricultura extensiva industrializada. ¿Las condiciones de vida y el bienestar de la mayoría de los campesinos mexicanos mejorará con la introducción del MT? Dr. Alejandro Nadal (El Colegio de Mexico): Macroeconomía e instrumentos regulatorios para el manejo de los transgénicos en agricultura. ¿La introducción del MT bajará los precios de la tortilla?
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correos  iGEM-IPN-UNAM deberan ser dirigidos a
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Disculpe la molestias que esto pudiese ocasionarles.
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Deseo que tengan una semana excelente.
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Administadora de iGEM-IPN-UNAM
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Se impartirá una plática el viernes 26 de enero del 2007 en el auditorio "José Adem" del
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Cinvestav a las 12:00 hrs.
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<center> ''' Avances de la Computación no-convencional con Autómata Celular'''</center>
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El Dr. Genaro Martínez dara una plática en el IIMAS el próximo viernes 26 de enero del 2007 a 
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las 12:00. Salón por confirmar.
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Resumen:
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Se presentan algunos avances desarrollados en el estudio de computación  no-convencional
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aplicando modelos matemáticos discretos masivamente  paralelos, conocidos como autómata
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celular, además de comportamiento complejo soportando partículas. Desarrollado en  el "Centro
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Internacional de Computación No-Convencional" de la Universidad del Este de Inglaterra.
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[[Curso biologia sintetica]]
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== Avisos de interés para el grupo IPN-UNAM (Actividades y Reuniones) ==
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<center>'''Taller/Curso de Biología en la UNAM'''</center>
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Se impartirá el primer curso de Biología al grupo iGEM - México los días 15, 16 y 17 de enero de 2007 a cargo de la Dr. Fabiola Ramírez.
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-[[User:Rpalma|Rosaura Palma]]
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  Próximas reuniones
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<center>''' Evento académico en la UAEH'''</center>
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  Lunes 23 de octubre visita en ESCOM 12:00 hrs.
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  <center>Primer Encuentro de Matemáticas Aplicadas a la Biología y
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Ciencias de la Computación (MAByCC)</center>
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Rosaura Palma
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Se llevará a cabo del 6 al 8 de diciembre de 2006, en la Universidad Autónoma del Estado de 
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Hidalgo, la referencia es:
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<center> http://www.uaeh.edu.mx/investigacion/matematicas/eventos.html</center>
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El Dr. Pablo Padilla participará el día jueves 7 de diciembre a las 17:30 hrs. en este evento.
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-[[User:Rpalma|Rosaura Palma]] December 1, 2006.
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''' Encuentro de Biotecnología UPIBI-IPN '''
Hola a todos,
Hola a todos,
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Los temas de investigacion deben tener un objetivo central y no ser tan diversificados. El objetivo ademas gradualmente sera establecido de manera mas clara conforme las discusiones con los biologos y los avances que ellos determinen ayudaran sustancialmente a la gente de computacion para tener temas mas a fines al proyecto iGEM Mexico.
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La referencia directa es:
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De esta manera, veo algunos temas que son repetitivos en su objetivo central en la lista propuesta, creo que con tres temas principales por profesor (si es bien considerado), sera muy bueno para los alumnos y para los demas investigadores del IPN y la UNAM que ademas estan centrando sus temas selectos, con respecto a los avances que se vayan dando. Para de esta manera, encontrar los temas que pueden ser llevados con un mismo objetivo u objetivos en comun.
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[http://www.upibi.ipn.mx/menu%5Cposgrado%5CVEncuentro.html http://www.upibi.ipn.mx/menu%5Cposgrado%5CVEncuentro.html]
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Ademas una vez que se tengan todos los temas propuestos o posibles temas propuestos por cada area o profesores, los alumnos podran elejir libremente cuales seran sus temas de mayor interes. Recordandoles a los alumnos que una de las observaciones que se les comentaron al inicio del proyecto, es que deben ser trabajos de Tesis. Al menos en el caso de los alumnos de ESCOM.
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Saludos!
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Por ultimo, las lineas de investigacion no pueden estar divididas por plantel, ellas deben de ser propuestas para todo el grupo iGEM Mexico, ya que los estudiantes pueden tomar temas que no estan en su plantel.
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-[[User:Genarojm|Genaro]] November 29, 2006.
-
Cualquier duda o comentario puede ser comentado y/o discutido con la Prof. Rosaura, quien tiene la desicion final en la coordinacion del proyecto iGEM Mexico, de manera general y principalmente en la ESCOM.
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''' Grupo iGEM - México '''
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-[[User:Genarojm|Genaro]] October 17, 2006.
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El encuentro de Biotecnología es del 28 de noviembre al 1o de diciembre en la Unidad Politécnica para la Competitividad (cerca del planetario). El programa esta disponible en el sitio de la UPIBI (www.upibi.ipn.mx).
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No falten!!
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Saludos
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- Alejandra Sánchez - November 28, 2006.
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Aqui les muestro la foto que nos tomamos con Randy, quien fue muy amable al aceptar:
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Líneas de Investigación (ESCOM)
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</center>
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[[Image:Randy_grupo.JPG]]
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  1. Realidad virtual en la simulación biológica.      (Prof. David Araujo, Prof. Carlos Silva)
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--[[User:TaniaMalfoy|Tania Malfoy]] 11:03, 9 November 2006 (EST)
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  2. Simulación y creación de sistemas electrónicos.  (Prof. David Araujo, Prof. Carlos Silva)
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  3. Interacciones físicas y químicas.                (Prof. David Araujo)
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Hola pues aqui esta la muestra de que iGEM México estuvo presente:)
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  4. Seguridad con sistemas biológicos.                (Prof. David Araujo)
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  5. Biosensores.                                      (Prof. David Araujo)
+
-
  6. Bases de datos biológicas.                        (Prof. David Araujo)
+
-
  7. Simulacion con automata celular                  (Prof. Genaro Juárez)
+
-
  8. Lenguajes formales.                              (Prof. Genaro Juárez, Prof. Rosaura Palma)
+
-
  9. Teoría de grafos.                                (Prof. Rosaura Palma)
+
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10. Minería de datos                                  (Prof. Jaime López, Prof. Carlos Silva)
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-
11. Cómputo paralelo.                                (Prof. Araujo, Prof. López, Prof. Silva)
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[[Image:Igemmex.jpg]]
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[http://www.boston.com/news/local/articles/2006/11/05/genetic_jamboree_draws_innovators/?p1=email_to_a_friend Genetic 'Jamboree' draws innovators]
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Genetic 'Jamboree' draws innovators
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GRACIAS al Profesor Genaro tenemos esta foto del grupo llegando el Registro:
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[[Image:Registro.JPG]]
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--[[User:TaniaMalfoy|Tania Malfoy]] 20:00, 8 November 2006 (EST)
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''' Presentación autómata celular '''
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Hola a todos,
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He terminado los detalles para tener en PDF la presentación de autómata celular que di para el grupo. He incorporado algunas cosas que pueden ser interesantes para ustedes. Para bajar la presentacion solo tienen que pulsar aquí: [[Media:IntoCA.pdf]].
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Ojala haya algunos estudiantes que se interesen en trabajar con las reglas propuestas.
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Cualquier duda o comentario, por favor estoy a su disposición.
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Saludos!
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-[[User:Genarojm|Genaro]] November 8, 2006.
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''' MUCHAS FELICITACIONES!!!! '''
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Al grupo iGEM Mexico representado exitosamente en el MIT. Realmente muchas felicidades por el "The Best Work in Progress."
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-[[User:Genarojm|Genaro]] November 6, 2006.
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IGUALMENTE!
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Muy buena suerte en este viaje a todos los compañeros y deseo que todo salga muy bien, ademas de que sea interesante para los participantes nuestra propuesta. La retroalimentacion que tendran ustedes sera muy buena, de eso estoy seguro, tambien muchos saludos a Meagan!
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-[[User:Genarojm|Genaro]] November 3, 2006.
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Buen Viaje a todos! Espero que sea de gran provecho esta Jamboree 2006 del iGEM.
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Cuando todo mundo esté de regreso nos reuniremos para compartir experiencias y continuar los trabajos.
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Juan Aranda UPIBI-IPN.
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''' ''Constructing a dispositive in Diffusion Rule CA'' '''
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Hi everybody,
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I have constructed a new dispositive like a "luminesce" behavior.
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The construction have 19,200 cells to the initial condition, producing a luminesce behavior in 25 times. Later the dispositive have a light luminesce of period two originated to blinkers patterns.
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You can see or download freely a small move the this phenomenon from:
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http://uncomp.uwe.ac.uk/genaro/tmp/x24-grid.mov
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Also, you can see another construccions to Diffusion Rule from:
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http://uncomp.uwe.ac.uk/genaro/diffusionLife/diffusionLife.html
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-[[User:Genarojm|Genaro]] October 23, 2006.
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Lunes 23 de octubre visita en ESCOM 12:00 hrs. Puntos a tratar:
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1. Poster
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2. Presentación
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3. Plática
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4. "Uniforme"
Rosaura Palma
Rosaura Palma
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Asi es Tania, para ello las propuestas que se den en el area de computacion, deben complementarse con la de los biologos, en este sentido, eso debe tomar tiempo. Al momento solo es tener las propuestas que los instructores de computacion pueden tener. Ademas, la version final del poster debe ser revisada y aprobada por la Prof. Rosaura.
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-[[User:Genarojm|Genaro]] October 18, 2006.
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La elaboración del Poster por parte de ESCOM se esta llevando a cabo, solo falta definir q líneas de investigación vamos a seguir, lo cual concuerda con poner ya bien lo q comenta Pau.
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--[[User:TaniaMalfoy|Tania Malfoy]] 11:19, 18 October 2006 (EDT)
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Sugiero que se vaya armando el texto que se colocara en la pagina principal del grupo, para que sea acorde a lo que estamos haciendo. --[[User:Pauanana|Pauana]] 22:46, 17 October 2006 (EDT)
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Hola a todos,
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Los temas de investigacion deben tener un objetivo central y no ser tan diversificados. El objetivo ademas gradualmente sera establecido de manera mas clara conforme las discusiones con los biologos y los avances que ellos determinen ayudaran sustancialmente a la gente de computacion para tener temas mas a fines al proyecto iGEM Mexico.
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De esta manera, veo algunos temas que son repetitivos en su objetivo central en la lista propuesta, creo que con tres temas principales por profesor (si es bien considerado), sera muy bueno para los alumnos y para los demas investigadores del IPN y la UNAM que ademas estan centrando sus temas selectos, con respecto a los avances que se vayan dando. Para de esta manera, encontrar los temas que pueden ser llevados con un mismo objetivo u objetivos en comun.
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Ademas una vez que se tengan todos los temas propuestos o posibles temas propuestos por cada area o profesores, los alumnos podran elejir libremente cuales seran sus temas de mayor interes. Recordandoles a los alumnos que una de las observaciones que se les comentaron al inicio del proyecto, es que deben ser trabajos de Tesis. Al menos en el caso de los alumnos de ESCOM.
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Por ultimo, las lineas de investigacion no pueden estar divididas por plantel, ellas deben de ser propuestas para todo el grupo iGEM Mexico, ya que los estudiantes pueden tomar temas que no estan en su plantel.
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Cualquier duda o comentario puede ser comentado y/o discutido con la Prof. Rosaura, quien tiene la desicion final en la coordinacion del proyecto iGEM Mexico, de manera general y principalmente en la ESCOM.
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-[[User:Genarojm|Genaro]] October 17, 2006.
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Latest revision as of 13:03, 8 February 2007

Contents

IPN-UNAM

IPN logo.jpg Unam.gif

Avisos de interés para el grupo IPN-UNAM (Actividades y Reuniones)

Hola a todos,

-se pasa el tiempo pronto y no hemos programado la reunion de este mes. Como comentaba en el correo anterior, a mi me parece que seria muy bueno que Fabiola, Edgar, Juan y todos los involucrados mas de cerca en la parte experimental nos platicaran como van. En particular a mi me parece que es hora de diseñar el (los) circuitos para lo que tenemos en mente.

Hay propuestas de fechas, horas, lugar, etc.?

Saludos,

Pablo

Temas de investigacion para alumnos del IPN y UNAM con automata celular

1. Automata celular con memoria Realizar un estudio inicial basado en automata celular con memoria. Como son determinados y cuales son las tecnicas para su manipulacion. Iniciando en el caso de una dimension.

El prof. experto es espa&ol y podemos tener acceso con el directamente desde: http://uncomp.uwe.ac.uk/alonso-sanz/index.html

2. Sistemas de reaccion-difusion con automata celular Realizar un estudio donde los modelos de reaccion-difusion se producen. Estos pueden encontrarse en fenomenos fisicos, quimicos o biologicos. Determinar la aplicacion de estos sistemas para procesos controlados en especifico con automata celular.

El prof. experto es ingles y podemos tener acceso a algunas publicaciones desde: http://uncomp.uwe.ac.uk/adamatzky/papers.html

3. Sistemas auto-reproductivos con automata celular Realizar un estudio sobre las funciones con capaciodad de auto-reproduccion en automata celular y relacionar estos resultados con procesos analogos en el mundo real.

El problema es un poquito mas dificil pero muy interesante. El prof. experto es japones y podemos utilizar algunos papers desde: http://www.iec.hiroshima-u.ac.jp/~imai/page7/page7.html

4. Construccion de polymers Determinar que automata celular tiene las capacidades para simular la construccion de polymers, describiendo la secuencia que codifica una proteina en particular.

Algunas simulaciones directas son realizadas por Bar Yam en su libro Complex Systems.

Cellular automata for polymer simulation with application to polymer melts and polymer collapse including implications for protein folding Source Parallel Computing archive Volume 27, Issue 5 (April 2001) Special issue on cellular automata: from modeling to applications Pages: 613 - 641 Year of Publication: 2001 ISSN:0167-8191 Authors: B. Ostrovsky, G. Crooks, M. A. Smith and Y. Bar Yam Publisher: Elsevier Science Publishers B. V. Amsterdam, The Netherlands, The Netherlands

5. Vida artificial con automata celular Estudiar y determinar la relacion que existe entre vida artificial y automata celular complejo. Determinar su complejidad en base a otras teorias y proponer reglas de evolucion que cumplan con las condiciones necesarias para tener vida artificial en un espacio celular.

El tema es amplio y no se tiene una amplia literatura, sin embargo es muy bueno comenzar con: http://linas.org/plants/observe.html


Ademas, en el caso de los temas 1 y 5, se pueden direccionar en la busqueda de "patrones Turing."

Deseo que podamos captar alumnos interesados y colaborar como director externo en estos trabajos con los profesores. Para de esta manera tender una linea entre la Universidad de West de Inglaterra y las escuelas en Mexico.

-Genaro

Rafael Peña Miller Subject: [iGEM-IPN-UNAM]

Estimados poliunamitas, Estoy absolutamente de acuerdo con Pablo acerca de la necesidad de discutir y definir una postura respecto a las implicaciones éticas, legales y sociales de la biología sintética. Por lo pronto les hago extensiva la invitación a asistir a la mesa redonda organizada por la Unión de Científicos Comprometidos con la Sociedad, respecto a los argumentos planteados por las compañías que producen y distribuyen maíz transgénico, así como la propuesta de utilizar estas semillas en México para aumentar la producción de maíz blanco y amarillo.

Maíz y consumo popular: transgénicos y especulación Mesa redonda y debate públicos 7 de febrero del 2007 a las 6 PM; Casa de la Cultura, San Angel (Avenida Revolución y calle del Arenal)

Los ponentes y los temas que tratarán serán:

Dra. Alejandra Covarrubias (Instituto de Biotecnología de la UNAM y UCCS): Biología molecular de plantas: Incertidumbres en torno a la creación de las lineas de maíz transgénico que actualmente ofrecen las compañías que los comercializan. Dr. Daniel Piñero Dalmau (Instituto de Ecología de la UNAM): Ecología y genética de poblaciones de plantas ¿Es posible la coexistencia de cultivos transgénicos y no transgénicos sin contaminación de los segundos una vez que se libere el MT al ambiente mexicano? Dr. Antonio Turrent (INIFAP y UCCS): Sistemas de producción de maíz en México y mejoramiento autóctono del maíz: ¿Hay potencial para aumentar la productividad de maíz en México? ¿Los transgénicos que ofrecen las corporaciones agrícolas son imprescindibles para ello? Dr. Alejandro Espinosa (INIFAP y UCCS): Mejoramiento agronómico de maíces criollos e híbridos mexicanos; abasto de semillas. Esquemas de abastecimiento alternativos de semillas, distorsiones del mercado y precios de semillas de maíz. La ley de semillas en México. Dr. Armando Bartra (Desarrollo Rural Maya, A.C.): Socioeconomía de la producción maicera en México. Pequeños productores vs agricultura extensiva industrializada. ¿Las condiciones de vida y el bienestar de la mayoría de los campesinos mexicanos mejorará con la introducción del MT? Dr. Alejandro Nadal (El Colegio de Mexico): Macroeconomía e instrumentos regulatorios para el manejo de los transgénicos en agricultura. ¿La introducción del MT bajará los precios de la tortilla?

-Genaro

Saludos a todos:

Nuestra dirección de la lista de correos ha sido modificada. Apartir de ahora los correos que desen enviar a la lista de correos iGEM-IPN-UNAM deberan ser dirigidos a 

      igem-ipn-unam@googlegroups.com

Disculpe la molestias que esto pudiese ocasionarles. Deseo que tengan una semana excelente.

Alesa.

Administadora de iGEM-IPN-UNAM

-Genaro

Estructura Fractal del ADN
Se impartirá una plática el viernes 26 de enero del 2007 en el auditorio "José Adem" del 
Cinvestav a las 12:00 hrs.

-Rosaura Palma

Avances de la Computación no-convencional con Autómata Celular


El Dr. Genaro Martínez dara una plática en el IIMAS el próximo viernes 26 de enero del 2007 a  
las 12:00. Salón por confirmar.

Resumen: 

Se presentan algunos avances desarrollados en el estudio de computación  no-convencional 
aplicando modelos matemáticos discretos masivamente  paralelos, conocidos como autómata 
celular, además de comportamiento complejo soportando partículas. Desarrollado en  el "Centro 
Internacional de Computación No-Convencional" de la Universidad del Este de Inglaterra.

-Rosaura Palma

Curso biologia sintetica

Taller/Curso de Biología en la UNAM

Se impartirá el primer curso de Biología al grupo iGEM - México los días 15, 16 y 17 de enero de 2007 a cargo de la Dr. Fabiola Ramírez.

-Rosaura Palma

Evento académico en la UAEH
Primer Encuentro de Matemáticas Aplicadas a la Biología y Ciencias de la Computación (MAByCC)

Se llevará a cabo del 6 al 8 de diciembre de 2006, en la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo, la referencia es:


http://www.uaeh.edu.mx/investigacion/matematicas/eventos.html


El Dr. Pablo Padilla participará el día jueves 7 de diciembre a las 17:30 hrs. en este evento.


-Rosaura Palma December 1, 2006.

Encuentro de Biotecnología UPIBI-IPN

Hola a todos,

La referencia directa es:

[http://www.upibi.ipn.mx/menu%5Cposgrado%5CVEncuentro.html http://www.upibi.ipn.mx/menu%5Cposgrado%5CVEncuentro.html]

Saludos!

-Genaro November 29, 2006.

Grupo iGEM - México

El encuentro de Biotecnología es del 28 de noviembre al 1o de diciembre en la Unidad Politécnica para la Competitividad (cerca del planetario). El programa esta disponible en el sitio de la UPIBI (www.upibi.ipn.mx).

No falten!!

Saludos

- Alejandra Sánchez - November 28, 2006.

Aqui les muestro la foto que nos tomamos con Randy, quien fue muy amable al aceptar:

Randy grupo.JPG

--Tania Malfoy 11:03, 9 November 2006 (EST)

Hola pues aqui esta la muestra de que iGEM México estuvo presente:)

Igemmex.jpg

[http://www.boston.com/news/local/articles/2006/11/05/genetic_jamboree_draws_innovators/?p1=email_to_a_friend Genetic 'Jamboree' draws innovators]

Genetic 'Jamboree' draws innovators

GRACIAS al Profesor Genaro tenemos esta foto del grupo llegando el Registro:

Registro.JPG

--Tania Malfoy 20:00, 8 November 2006 (EST)

Presentación autómata celular

Hola a todos,

He terminado los detalles para tener en PDF la presentación de autómata celular que di para el grupo. He incorporado algunas cosas que pueden ser interesantes para ustedes. Para bajar la presentacion solo tienen que pulsar aquí: Media:IntoCA.pdf.

Ojala haya algunos estudiantes que se interesen en trabajar con las reglas propuestas.

Cualquier duda o comentario, por favor estoy a su disposición.

Saludos!

-Genaro November 8, 2006.

MUCHAS FELICITACIONES!!!!

Al grupo iGEM Mexico representado exitosamente en el MIT. Realmente muchas felicidades por el "The Best Work in Progress."

-Genaro November 6, 2006.


IGUALMENTE!

Muy buena suerte en este viaje a todos los compañeros y deseo que todo salga muy bien, ademas de que sea interesante para los participantes nuestra propuesta. La retroalimentacion que tendran ustedes sera muy buena, de eso estoy seguro, tambien muchos saludos a Meagan!

-Genaro November 3, 2006.

Buen Viaje a todos! Espero que sea de gran provecho esta Jamboree 2006 del iGEM. Cuando todo mundo esté de regreso nos reuniremos para compartir experiencias y continuar los trabajos.

Juan Aranda UPIBI-IPN.

Constructing a dispositive in Diffusion Rule CA

Hi everybody,

I have constructed a new dispositive like a "luminesce" behavior.

The construction have 19,200 cells to the initial condition, producing a luminesce behavior in 25 times. Later the dispositive have a light luminesce of period two originated to blinkers patterns.

You can see or download freely a small move the this phenomenon from:

http://uncomp.uwe.ac.uk/genaro/tmp/x24-grid.mov

Also, you can see another construccions to Diffusion Rule from:

http://uncomp.uwe.ac.uk/genaro/diffusionLife/diffusionLife.html

-Genaro October 23, 2006.

Lunes 23 de octubre visita en ESCOM 12:00 hrs. Puntos a tratar: 1. Poster 2. Presentación 3. Plática 4. "Uniforme"

Rosaura Palma

Asi es Tania, para ello las propuestas que se den en el area de computacion, deben complementarse con la de los biologos, en este sentido, eso debe tomar tiempo. Al momento solo es tener las propuestas que los instructores de computacion pueden tener. Ademas, la version final del poster debe ser revisada y aprobada por la Prof. Rosaura.

-Genaro October 18, 2006.

La elaboración del Poster por parte de ESCOM se esta llevando a cabo, solo falta definir q líneas de investigación vamos a seguir, lo cual concuerda con poner ya bien lo q comenta Pau. --Tania Malfoy 11:19, 18 October 2006 (EDT)

Sugiero que se vaya armando el texto que se colocara en la pagina principal del grupo, para que sea acorde a lo que estamos haciendo. --Pauana 22:46, 17 October 2006 (EDT)

Hola a todos,

Los temas de investigacion deben tener un objetivo central y no ser tan diversificados. El objetivo ademas gradualmente sera establecido de manera mas clara conforme las discusiones con los biologos y los avances que ellos determinen ayudaran sustancialmente a la gente de computacion para tener temas mas a fines al proyecto iGEM Mexico.

De esta manera, veo algunos temas que son repetitivos en su objetivo central en la lista propuesta, creo que con tres temas principales por profesor (si es bien considerado), sera muy bueno para los alumnos y para los demas investigadores del IPN y la UNAM que ademas estan centrando sus temas selectos, con respecto a los avances que se vayan dando. Para de esta manera, encontrar los temas que pueden ser llevados con un mismo objetivo u objetivos en comun.

Ademas una vez que se tengan todos los temas propuestos o posibles temas propuestos por cada area o profesores, los alumnos podran elejir libremente cuales seran sus temas de mayor interes. Recordandoles a los alumnos que una de las observaciones que se les comentaron al inicio del proyecto, es que deben ser trabajos de Tesis. Al menos en el caso de los alumnos de ESCOM.

Por ultimo, las lineas de investigacion no pueden estar divididas por plantel, ellas deben de ser propuestas para todo el grupo iGEM Mexico, ya que los estudiantes pueden tomar temas que no estan en su plantel.

Cualquier duda o comentario puede ser comentado y/o discutido con la Prof. Rosaura, quien tiene la desicion final en la coordinacion del proyecto iGEM Mexico, de manera general y principalmente en la ESCOM.

-Genaro October 17, 2006.

Hola a todos,

Sugiero que la lista de temas para los estudiantes sea puesta en el wiki. De esta manera, se podran evaluar propuestas concretas de la gente de biologia con los de computacion, o mejor aun, unificar temas que sean a fines. Asi los estudiantes tendran temas interesantes para ellos y para los profesores, ademas recuerden que es recomendable tener un asesor de ambas ramas.

-Genaro October 12, 2006.

Hola a todos,

El proximo Miércoles 11 de Octubre se llevará a cabo un seminario por parte del Dr. Pablo Padilla del IIMAS en la Facultad de Ciencias de la UNAM. La cita es a las 9:30 hrs en la entrada principal de la Facultad de Ciencias (en Ciudad Universitaria). De este punto de reunión nos desplazaremos al salón donde se llevará a cabo la presentación. La presentación del seminario será en el Laboratorio de Cibernética de la UNAM.

Gracias!

-Rosaura Palma 16:25, 8 October 2006 (EDT)

Hola a todos,

La profesora Rosaura ha propuesto una muy buena idea para la participacion que tendremos en el MIT el proximo mes de noviembre. Ademas pienso que podemos aprovechar este material para nuestros propios avances iniciales.

La idea de la profesora es realizar algunos posters, de temas de investigacion de pensamos realizar. Pienso que podemos hacer poster especializados en cada instancia, despues la profesora Rosaura podra hacer un poster mezclando material de todos los demas.

Por favor, consideren este material para realizarlo, en coordinacion con sus alumnos de sus respectivas escuelas. Este debe incluir la propuesta de la idea o ideas que tienen para realizar en el proyecto o propuestas y dentro de ellos temas especializados aunque sea de manera general.

Ademas esos posters deben estar con una copia correspondiente en cada escuela, ya sea coordinado por Edgar o Juan (UPIBI), Pablo (UNAM) o Rosaura (ESCOM).

Por favor los alumnos deben de coordinarse con sus profesores para llevarlo a cabo.

-Genaro


Hola,

Por cierto, nosotros ya comenzamos el seminario (con valor curricular para licenciatura y posgrado) sobre el tema del proyecto: lenguajes formales en sistemas biologicos.

Estamos los lunes y miercoles de 11:30 a 13:00 en el salon301 del edificio del posgrado del IIMAS.

No se como es el tramite burocra¡tico de la inscripcion para los alumnos externos a la unam, pero pueden consultarlo con Lulú en los telefonos del posgrado en el IIMAS.

http://www.mcc.unam.mx/contacto.htm

Por supuesto que puede asistir cualquier interesado, de cualquier nivel.

Por el momento la informacion del curso esta en

hp.ficiencias.unam.mx/~fhqÂ

aunque pronto lo pasaremos a la pagina wiki del proyecto (en la UNAM).

Saludos,

Elías -- Wed 8/23/2006 20:03


Hola,

En el semestre que inicia se va a impartir un curso relacionado con los lenguajes formales en sistemas biológicos.

Va a haber un módulo de biología molecular.

El curso se va a impartir para licenciatura y maestria.

Si hay gente interesada en tomar los cursos pueden inscribirse. Si además requieren que les valga como materia, tendrán que averiguar como hacer el trámite, tengo entendido que en la maestría del Cinvestav pueden llevar cursos en la UNAM.

Más adelante enviaremos el temario.

Saludos,

Elías -- Tue 8/1/2006 08:40

HOLA A TOD@S:

LES INFORMO QUE EL PASADO MIERCOLES, TUVIMOS LA OPORTUNIDAD DE VER EL MATERIAL BIOLOGICO Q LLEGO A UPIBI Y CONOCERLO SIRVIO DE MUCHO, YA Q ADEMAS TUVIMOS UNAS CUANTAS CLASES DE CONCEPTOS(^0^), ASI Q LOS ESPERO EN ESCOM.


--Tania Malfoy 15:18, 15 August 2006 (EDT)


paper single genes

Hola a todos,

les mando la liga a la pagina de donde se puede encontrar el articulo que comentamos ayer en la reunion:

Modelin the activity of single genes:

http://computableplant.ics.uci.edu/papers/single_genes_preprint.pdf

Saludos, Pablo


Propuesta de segundo curso

Hola a todos, esta es otra propuesta para un segundo curso en ESCOM, "Sistemas dinámicos", será sobre conceptos básicos y tal vez para noviembre o diciembre, no sé cómo esté ahorita el calendario.

Saludos, Rosaura Palma


material biologico en el IPN y la UNAM

Hola a todos,

Finalmente el material biologico ha llegado en la UNAM y el IPN. Por lo que debemos iniciar a trabajar y coordinarnos con los biologos de ambas instituciones. Particularmente para los que no tenemos una formacion de biologia, es interesante ver y conocer ese material biologico. Para los estudiantes y profesores interesados, pensamos en los proximos dias coordinar un dia para ir a conocerlas.

-Genaro



propuesta inicio de cursos para el proyecto iGEM

Hola a todos,

En el mes de agosto debemos dar inicio a los cursos de preparacion para el proyecto iGEM. Dichos cursos tienen como finalidad establecer una preparacion general de temas que pueden ser utiles para los temas de investigacion que se realizaran al paso del tiempo.

Un segundo objetivo es que los cursos deben ser orientados a estudiantes y profesores sin experiencia en el tema. Por ejemplo, si hablamos de biologia molecular entonces el profesor o profesores que den estos cursos express, deberan situarlo para los estudiantes y profesores que no conocemos de biologia molecular.

Al contrario, si hablamos de lenguajes formales o modelos matematicos nosotros debemos situar una presentacion de manera que los estudiantes o profesores que no conocen estos temas puedan entenderlos rapidamente.

En este momento debo introducir algunas propuestas para el inicio de actividades.

1. Los profesores del IPN y la UNAM deberan proponer un tema para exponer. Una vez que conocemos los temas podremos armar un calendario tentativo.

2. Las presentaciones deberan ser en promedio por lo menos de dos dias por mes, no es necesario que sean consecutivos. La duracion por sesion puede contemplarse para dos o tres horas.

3. Para hacerlo mas flexible el profesor que de en ese momento el curso, podra darlo en su plantel y todos los demas estudiantes y profesores deberemos asistir puntualmente a la hora especificada.

4. En el transcurso de los proximos meses los profesores deben proponer temas de tesis o investigacion para los alumnos que estan participando en el proyecto.

5. Como parte complementaria de nuestra cooperacion y aprendizaje, una vez que uno o algunos alumnos inician sus investigaciones o tesis, la propuesta es que tenga dos directores. Dependiendo a que plantel y area pertenece, entonces un profesor del plantel debe ser su director y su co-director debe ser de la otra area. Por ejemplo, si el alumno es de biologia (UPIBI) entonces su director sera de ese plantel y su co-director de la Escuela Superior de Computacion. Inclusive, si es necesario tener una vinculacion de este tipo directamente entre la UNAM y el IPN seria excelente para los alumnos y los mismo profesores.

6. Las propuestas y los avances, asi como los reportes que empezemos a realizar deben ser puestos en nuestra pagina web asignada en el wiki del MIT. Ademas es necesario solicitar sus cuentas si todavia no la tienen para que ustedes mismos personalicen su "pagina web personal" que es asignada a cada usuario registrado. En este punto cada uno puede hacer estos cambios directamente desde el wiki. Pero eventualmente existen alumnos y profesores que no tienen experiencia en dicho sistema. Para ayudarlos en todo lo que necesiten, tenemos por parte del IPN a Tania y Paulina y por parte de la UNAM a Alejandra Sanchez, quienes se encargaran de administrar nuestra pagina y ellas pueden instruirlos de como manejar este sistema, ademas ellas pueden en este momento subir toda la infomacion personal tal como sus datos, su foto o alguna otra informacion que deseen. Solo necesitan enviarles la informacion y listo.


              • Primer curso.

Para dar tiempo a la estructuracion inicial de los cursos y propuestas sobre los temas. Deseo iniciar esta serie de exibiciones con el tema de sistemas dinamicos con especialidad en automata celular. Impartida en la Escuela Superior de Computo del IPN.

En dicho curso debo situar de manera simple los antecedentes de la teoria de automata celular, sus problemas fundamentales, etapas mas importantes, posibles aplicaciones en problemas no-lineales, clases morfologicas, construccion de patrones, nuestras contribuciones en el area y el estudio de una clase particular de automata celular con la capacidad de soportar particulas.

Los datos son:

Lugar: Escuela Superior de Computo del IPN.

Salon: 313.

Prof. Genaro Martinez (genaro@cinvestav.mx, 57296000 ext. 52028)

Horario: Inicia 11:00hrs termina 14:00hrs.

Dias: Jueves 24 de Agosto.

Nota: Con un receso a la mitad de las sesiones de 5 minutos. Habra cafe y galletas.

Como una vista rapida, pueden consultar mi pagina web (http://uncomp.uwe.ac.uk/genaro/) donde tengo material especializado en el estudio de automata celular y si surgen dudas especificas tambien podemos discutirlas en este peque&o seminario.

Como llegar a la ESCOM?

Pueden llegar a la ESCOM por varias rutas. Por el metro Politecnico caminando cerca de 10 minutos. El transporte interno del IPN (trolebus) pasa enfrente de la ESCOM. Por auto, pueden entrar por cien metros pasando el metro Politecnico en la entrada de la FORD. Tambien por atras de plaza torres o por el circuito interno del IPN. Otra referencia es que esta en frente del CIC (Centro de Investigacion en Computacion del IPN). Cualquier duda pueden escribirme un correo o hablarme por telefono.

La incorporacion de los alumnos de formacion en Biologia es muy importante, para el proyecto

Tambien es necesario empezar a tramitar los apoyos economicos (proyectos) en cada institucion. Meagan comenta que si es necesario enviar algun documento en especial desde el iGEM y puede ayudar a solicitar el apoyo, solo debemos solicitarlo una vez que las tramites son iniciados.

-Genaro


Saludos,

En la ultima visita que tuvimos con Meagan debemos avanzar en algunos tramites iniciales.

Una de las actividades que debemos realizar es participar en las presentaciones de los proyectos que se realizaran en el MIT para el proximo mes de noviembre.

De acuerdo, nuestro grupo todavia no tiene los avances suficientes para poder presentar un avance formal. Este hecho se lo hice conocer a Meagan en su visita, porque nuestro grupo de estudiantes e investigadores es en proceso de formacion y estructuracion.

Sin embargo, Meagan he resaltado la importancia que tenemos para asistir y participar con nuestros avances (propuestas y/o lineas de investigacion).

De esta manera les solicito anticipadamente preparen a sus estudiantes y profesores que puedan realizar el viaje a Boston para el proximo mes de noviembre. El evento debe ser durante la primera semana de noviembre.

Uno de los tramites mas tardados es el tramite de la VISA. Para este hecho Meagan me ha comentado que las personas que vayan a Boston y van a realizar el tramite de la VISA. Ella enviara cartas personales del proyecto iGEM para que las lleven a la embajada de los EUA y les den su VISA.

Por experiencia propia, este es un buen momento para sacar la VISA. Una carta de invitacion del MIT ayudara muchisimo para la autorizacion de la VISA.

-Genaro

Hola, a todos los miembros. La posible reunion que debemos tener se ha visto condicionada por la temporada de vacaciones en estos dias y algunos profesores y alumnos no estaran participando en esta reunion. De esta manera buscando que la reunion sea productiva para todos, quiza pueda ser realizada durante la primera semana de agosto, donde la mayoria ya estaran activos nuevamente. Comuniquenme por favor sus preferencias para situarla especificamente.

- Genaro

Que tal. Estuvimos algunos días sin red por algún defecto técnico pero parece que ya se arregló. Saludos a todos y en particular a Meagan. Genaro, para la próxima semana me parece que está bien la reunión por la mañana. Te confirmo por correo. :: Edgar ::

Recursos

Programación genética

Esta es una página que encontré acerca de programación genética, talvez pueda ser de utilidad para la generación de modelos de sistemas. Además hay un gran compendio recursos en ésta página.

[http://www.genetic-programming.org/ Programación genética]

Aquí hay un pequeño tutorial acerca del tema,

[http://www.genetic-programming.com/gpanimatedtutorial.html Tutorial Programación Genética]


-PabloB

Otros articulos parecidos

Encontre Una revista llamada Nature la cual al parecer se especialisa en biologia, tiene articulos interesantes sobre biologuia-computacion. Para tenr acceso a algunos articulos se nesesita tener membrecia que tal ves seria conveniente que alguna de las instituciones en el proyecto adquiriera.

Aqui les pongo la liga de una serie de articulos de los que les comente pero el acceso es gratuito.

[http://www.nature.com/nature/focus/futurecomputing/index.html NAture]

El articulo titulado "Can computers help explain biology?" es parecido al que comento genaro de Scientific American.

-Julio NAQ

Un artículo similar...

Encontre un artículo similar en la página de Scientific American que puede ser interesante. Esta es la liga [http://www.sciam.com/article.cfm?articleID=000D6682-91AE-146C-91AE83414B7F0000&ref=sciam&chanID=sa006 How to KILL the synthetic biology].

-PabloB

Saludos,

He visto un numero especial del Scientific American (edicion en espa&ol) del pasado mes de agosto. Donde tienen un reporte especial dedicado a biologia sintetica. Debe ser importante ver este articulo. Existen referencias directas al proyecto iGEM.


Scientific American - Investigacion y Ciencia

Biologia Sintetica

Grupo BIO FAB

pp. 14-21

Agosto 2006


PD. Para los alumnos de ESCOM y UPITA deben entregar un resumen escrita en latex de dicho articulo, lo pueden dejar con la profesora Rosaura o conmigo, a mas tardar el viernes de la proxima semana.

-Genaro

wiki

Hola a todos!!! HE detectado que hay personas a las que no les llega los correos que se envian del grupo, por favor revisen que los datos sean los correctos y si hay alguna modificacion, haganmelo saber a pauanana@gmail.com... --Pauana 00:01, 4 October 2006 (EDT)


Para poder hacer el perfil de cada uno de los miembros del equipo, y como apoyo para todos los que no tienen mucha experiencia trabajando en la computacion, pueden escribirnos a las direcciones de: pauanana@gmail.com, tgbermudez@hotmail.com y alesa@ciencias.unam.mx, para cualquier duda, o para mandarnos sus datos indispensables para crear su perfirl

--Pauana 01:33, 2 August 2006 (EDT)

OK, ESTAMOS EN PROCESO, Y PUBLIQ LA FECHA DE LA REUNION CON LOS ESTUDIANTES. --Tania Malfoy 10:43, 24 July 2006 (EDT)

Tania y Paulina, pienso que el orden de las fotos debe quedar en una linea de la siguiente manera. Primero la foto que se tomo en UPIBI, despues la de Pablo Padilla de la UNAM, despues la de Meagan y por ultimo la de UNAM. En la proxima semana debo reunirme con los profesores de UPIBI y debemos centrar temas que deberemos incorporar al wiki, ademas de que se deben ir preparando para ofrecer los apoyos necesarios a los integrantes del equipo. Por esa razon tiene que incorporar sus direcciones electronicas en sus perfiles del wiki y datos que son importantes para ponerse en contacto con ustedes. - Genaro



<< (^0^) HOLA A TOD@S, Y CLARO Q PUEDO AYUDARLE PROFESOR, NADAMAS MAND LAS FOTOS (JAJAJA)>> --Tania Malfoy 13:13, 17 July 2006 (EDT)

Ademas de subir las imagenes quiero enviarles a todos las fotos y los videos, solo que necestio subir el archivo de casi 100MB comprimido. En cuanto lo suba se los comunico y pondremos las fotos en el wiki, puedes ayudarme con esto Tania? - Genaro

MUCHAS GRACIAS MEAGAN, EN CUANTO LAS PASE GENARO LAS PONDREMOS JAJAJA Tania

Hola a todos- deben poner la foto del equipo en el wiki. Saben como hacerlo? Si necesitan ayuda, escribanlo en esta pagina y les puedo ayudar. ~Meagan

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