E colock

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In general, Response Regulator has 2 domeins,
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一般にレスポンスレギュレーターには2つのドメインがあり、
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レギュレータードメインはヒスチジンキナーゼからリン酸を受け取り、
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エフェクタードメインはDNAの特異的配列に結合する。
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regulator domein receives phospate from Hiatidine Kinase and effector domein bind to specific sequence of DNA.
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実際に36種類のRpaA-OmpRキメラを作製した。
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We create 36 chimera of RpaA-OmpR.
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これらのキメラは全てカッティングポイントが違うが、
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There are different in cutting point, but all of them have recerver domein of RpaA to communicate
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SasAからシグナルを受け取るため、RpaAのレシーバードメインを持ち、
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SasA,and DNA-binding domein of OmpR to bind and activete right to ''OmpC'' promoter.
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''OmpC'' プロモーターに結合し、活性化するため、OmpRのDNA結合ドメインを持っている。
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The precedure(↓)
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キメラ制作手法(↓)
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We used 6 excite primers on each RpaA and OmpR,
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6種類のエキサイトPCRプライマーをそれぞれRpaAとOmpRに対して作製。
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It can make 6 ×6 = 36 different chimeras!!
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エキサイトPCRにより6 ×6 = 36 種類のキメラを作製!!
[[Image:Excite PCR.JPG|600px]]
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Revision as of 14:16, 15 November 2006

Contents

E colock "self-cycling-E. coli"

⇒Go to "E colock" English page??
wikiページ(英語)

Concept

Ecolock model.jpg


Kaiシステムを大腸菌に導入し,
周期的自律振動を行わせる!

Member

Chiba 2006 wikiページ(英語)
[http://chem.tf.chiba-u.jp/igem/ iGEM Chiba オフィシャルサイト(日本語)] 『む』チーム



Kaiシステム

Kai system.jpg

Kaiシステムとは3つのたんぱく質(KaiA,KaiB, and KaiC)によってつくられる
最も単純で、分子レベルでの解明の進んでいる振動システムである。
しかし、シアノバクテリア内でこの振動がどのようにタンパク質の発現を制御しているかは分かっていない。
SasAはセンサーキナーゼであり、ヒスチジンキナーゼ(HK)の1種であり、
Kaiサイクルとタンパク質の周期的翻訳を繋ぐ役割を持っていると考えられている。
RpaAは2006年に発見されたSasAのレスポンスレギュレーター(RR)であり、
rpaA欠損株では周期的翻訳が完全に消失する。




文献


Cyanobavteria.JPG






E.colock プロジェクト

SasAとRpaAは大腸菌のEnvZとOmpRにそれぞれ高い相同性を示している。

SasAがKai振動と作用し、RpaAがSasAにより活性化を受けると確信し、

RpaA-OmpRキメラをつくる。

このRpaA-OmpRキメラにより、Kaiシステムの振動を ompC プロモーターを使い観測する。

Ecolock.jpg







キメラデザイン

一般にレスポンスレギュレーターには2つのドメインがあり、

レギュレータードメインはヒスチジンキナーゼからリン酸を受け取り、

エフェクタードメインはDNAの特異的配列に結合する。

実際に36種類のRpaA-OmpRキメラを作製した。

これらのキメラは全てカッティングポイントが違うが、

SasAからシグナルを受け取るため、RpaAのレシーバードメインを持ち、

OmpC プロモーターに結合し、活性化するため、OmpRのDNA結合ドメインを持っている。


キメラ制作手法(↓)

6種類のエキサイトPCRプライマーをそれぞれRpaAとOmpRに対して作製。 エキサイトPCRにより6 ×6 = 36 種類のキメラを作製!! Excite PCR.JPG



Next step (*_*)/

The construct of chimeras is finished! Chimaras along with WT RpaA and OmpR will be tested in their function as response regulator that switch ON/OFF the ompCpromoter.


Jikkensitai.JPG


We will find some chimeras indeed pick up Kai cycle.


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