Talk:IPN UNAM 2006

From 2006.igem.org

IPN-UNAM

La elaboración del Poster por parte de ESCOM se esta llevando a cabo, solo falta definir q líneas de investigación vamos a seguir, lo cual concuerda con poner ya bien lo q comenta Pau. --Tania Malfoy 11:19, 18 October 2006 (EDT)

Sugiero que se vaya armando el texto que se colocara en la pagina principal del grupo, para que sea acorde a lo que estamos haciendo. --Pauana 22:46, 17 October 2006 (EDT)

Avisos de interés para el grupo IPN-UNAM (Actividades y Reuniones)

Próxima reunión

Lunes 23 de octubre visita en ESCOM 12:00 hrs.

Rosaura Palma

Hola a todos,

Los temas de investigacion deben tener un objetivo central y no ser tan diversificados. El objetivo ademas gradualmente sera establecido de manera mas clara conforme las discusiones con los biologos y los avances que ellos determinen ayudaran sustancialmente a la gente de computacion para tener temas mas a fines al proyecto iGEM Mexico.

De esta manera, veo algunos temas que son repetitivos en su objetivo central en la lista propuesta, creo que con tres temas principales por profesor (si es bien considerado), sera muy bueno para los alumnos y para los demas investigadores del IPN y la UNAM que ademas estan centrando sus temas selectos, con respecto a los avances que se vayan dando. Para de esta manera, encontrar los temas que pueden ser llevados con un mismo objetivo u objetivos en comun.

Ademas una vez que se tengan todos los temas propuestos o posibles temas propuestos por cada area o profesores, los alumnos podran elejir libremente cuales seran sus temas de mayor interes. Recordandoles a los alumnos que una de las observaciones que se les comentaron al inicio del proyecto, es que deben ser trabajos de Tesis. Al menos en el caso de los alumnos de ESCOM.

Por ultimo, las lineas de investigacion no pueden estar divididas por plantel, ellas deben de ser propuestas para todo el grupo iGEM Mexico, ya que los estudiantes pueden tomar temas que no estan en su plantel.

Cualquier duda o comentario puede ser comentado y/o discutido con la Prof. Rosaura, quien tiene la desicion final en la coordinacion del proyecto iGEM Mexico, de manera general y principalmente en la ESCOM.

-Genaro October 17, 2006.

Líneas de Investigación (ESCOM) 

 1. Realidad virtual en la simulación biológica.      (Prof. David Araujo, Prof. Carlos Silva)
 2. Simulación y creación de sistemas electrónicos.   (Prof. David Araujo, Prof. Carlos Silva)
 3. Interacciones físicas y químicas.                 (Prof. David Araujo)
 4. Seguridad con sistemas biológicos.                (Prof. David Araujo)
 5. Biosensores.                                      (Prof. David Araujo)
 6. Bases de datos biológicas.                        (Prof. David Araujo)
 7. Simulacion con automata celular                   (Prof. Genaro Juárez)
 8. Lenguajes formales.                               (Prof. Genaro Juárez, Prof. Rosaura Palma)
 9. Teoría de grafos.                                 (Prof. Rosaura Palma)
10. Minería de datos                                  (Prof. Jaime López, Prof. Carlos Silva)
11. Cómputo paralelo.                                 (Prof. Araujo, Prof. López, Prof. Silva)

Rosaura Palma

Hola a todos,

Sugiero que la lista de temas para los estudiantes sea puesta en el wiki. De esta manera, se podran evaluar propuestas concretas de la gente de biologia con los de computacion, o mejor aun, unificar temas que sean a fines. Asi los estudiantes tendran temas interesantes para ellos y para los profesores, ademas recuerden que es recomendable tener un asesor de ambas ramas.

-Genaro October 12, 2006.

Hola a todos,

El proximo Miércoles 11 de Octubre se llevará a cabo un seminario por parte del Dr. Pablo Padilla del IIMAS en la Facultad de Ciencias de la UNAM. La cita es a las 9:30 hrs en la entrada principal de la Facultad de Ciencias (en Ciudad Universitaria). De este punto de reunión nos desplazaremos al salón donde se llevará a cabo la presentación. La presentación del seminario será en el Laboratorio de Cibernética de la UNAM.

Gracias!

-Rosaura Palma 16:25, 8 October 2006 (EDT)

Hola a todos,

La profesora Rosaura ha propuesto una muy buena idea para la participacion que tendremos en el MIT el proximo mes de noviembre. Ademas pienso que podemos aprovechar este material para nuestros propios avances iniciales.

La idea de la profesora es realizar algunos posters, de temas de investigacion de pensamos realizar. Pienso que podemos hacer poster especializados en cada instancia, despues la profesora Rosaura podra hacer un poster mezclando material de todos los demas.

Por favor, consideren este material para realizarlo, en coordinacion con sus alumnos de sus respectivas escuelas. Este debe incluir la propuesta de la idea o ideas que tienen para realizar en el proyecto o propuestas y dentro de ellos temas especializados aunque sea de manera general.

Ademas esos posters deben estar con una copia correspondiente en cada escuela, ya sea coordinado por Edgar o Juan (UPIBI), Pablo (UNAM) o Rosaura (ESCOM).

Por favor los alumnos deben de coordinarse con sus profesores para llevarlo a cabo.

-Genaro

Hola,

Por cierto, nosotros ya comenzamos el seminario (con valor curricular para licenciatura y posgrado) sobre el tema del proyecto: lenguajes formales en sistemas biologicos.

Estamos los lunes y miercoles de 11:30 a 13:00 en el salon301 del edificio del posgrado del IIMAS.

No se como es el tramite burocra¡tico de la inscripcion para los alumnos externos a la unam, pero pueden consultarlo con Lulú en los telefonos del posgrado en el IIMAS.

http://www.mcc.unam.mx/contacto.htm

Por supuesto que puede asistir cualquier interesado, de cualquier nivel.

Por el momento la informacion del curso esta en

hp.ficiencias.unam.mx/~fhqÂ

aunque pronto lo pasaremos a la pagina wiki del proyecto (en la UNAM).

Saludos,

Elías -- Wed 8/23/2006 20:03

Hola,

En el semestre que inicia se va a impartir un curso relacionado con los lenguajes formales en sistemas biológicos.

Va a haber un módulo de biología molecular.

El curso se va a impartir para licenciatura y maestria.

Si hay gente interesada en tomar los cursos pueden inscribirse. Si además requieren que les valga como materia, tendrán que averiguar como hacer el trámite, tengo entendido que en la maestría del Cinvestav pueden llevar cursos en la UNAM.

Más adelante enviaremos el temario.

Saludos,

Elías -- Tue 8/1/2006 08:40

HOLA A TOD@S:

LES INFORMO QUE EL PASADO MIERCOLES, TUVIMOS LA OPORTUNIDAD DE VER EL MATERIAL BIOLOGICO Q LLEGO A UPIBI Y CONOCERLO SIRVIO DE MUCHO, YA Q ADEMAS TUVIMOS UNAS CUANTAS CLASES DE CONCEPTOS(^0^), ASI Q LOS ESPERO EN ESCOM.

--Tania Malfoy 15:18, 15 August 2006 (EDT)

paper single genes

Hola a todos,

les mando la liga a la pagina de donde se puede encontrar el articulo que comentamos ayer en la reunion:

Modelin the activity of single genes:

http://computableplant.ics.uci.edu/papers/single_genes_preprint.pdf

Saludos, Pablo

Propuesta de segundo curso

Hola a todos, esta es otra propuesta para un segundo curso en ESCOM, "Sistemas dinámicos", será sobre conceptos básicos y tal vez para noviembre o diciembre, no sé cómo esté ahorita el calendario.

Saludos, Rosaura Palma

material biologico en el IPN y la UNAM

Hola a todos,

Finalmente el material biologico ha llegado en la UNAM y el IPN. Por lo que debemos iniciar a trabajar y coordinarnos con los biologos de ambas instituciones. Particularmente para los que no tenemos una formacion de biologia, es interesante ver y conocer ese material biologico. Para los estudiantes y profesores interesados, pensamos en los proximos dias coordinar un dia para ir a conocerlas.

-Genaro

propuesta inicio de cursos para el proyecto iGEM

Hola a todos,

En el mes de agosto debemos dar inicio a los cursos de preparacion para el proyecto iGEM. Dichos cursos tienen como finalidad establecer una preparacion general de temas que pueden ser utiles para los temas de investigacion que se realizaran al paso del tiempo.

Un segundo objetivo es que los cursos deben ser orientados a estudiantes y profesores sin experiencia en el tema. Por ejemplo, si hablamos de biologia molecular entonces el profesor o profesores que den estos cursos express, deberan situarlo para los estudiantes y profesores que no conocemos de biologia molecular.

Al contrario, si hablamos de lenguajes formales o modelos matematicos nosotros debemos situar una presentacion de manera que los estudiantes o profesores que no conocen estos temas puedan entenderlos rapidamente.

En este momento debo introducir algunas propuestas para el inicio de actividades.

1. Los profesores del IPN y la UNAM deberan proponer un tema para exponer. Una vez que conocemos los temas podremos armar un calendario tentativo.

2. Las presentaciones deberan ser en promedio por lo menos de dos dias por mes, no es necesario que sean consecutivos. La duracion por sesion puede contemplarse para dos o tres horas.

3. Para hacerlo mas flexible el profesor que de en ese momento el curso, podra darlo en su plantel y todos los demas estudiantes y profesores deberemos asistir puntualmente a la hora especificada.

4. En el transcurso de los proximos meses los profesores deben proponer temas de tesis o investigacion para los alumnos que estan participando en el proyecto.

5. Como parte complementaria de nuestra cooperacion y aprendizaje, una vez que uno o algunos alumnos inician sus investigaciones o tesis, la propuesta es que tenga dos directores. Dependiendo a que plantel y area pertenece, entonces un profesor del plantel debe ser su director y su co-director debe ser de la otra area. Por ejemplo, si el alumno es de biologia (UPIBI) entonces su director sera de ese plantel y su co-director de la Escuela Superior de Computacion. Inclusive, si es necesario tener una vinculacion de este tipo directamente entre la UNAM y el IPN seria excelente para los alumnos y los mismo profesores.

6. Las propuestas y los avances, asi como los reportes que empezemos a realizar deben ser puestos en nuestra pagina web asignada en el wiki del MIT. Ademas es necesario solicitar sus cuentas si todavia no la tienen para que ustedes mismos personalicen su "pagina web personal" que es asignada a cada usuario registrado. En este punto cada uno puede hacer estos cambios directamente desde el wiki. Pero eventualmente existen alumnos y profesores que no tienen experiencia en dicho sistema. Para ayudarlos en todo lo que necesiten, tenemos por parte del IPN a Tania y Paulina y por parte de la UNAM a Alejandra Sanchez, quienes se encargaran de administrar nuestra pagina y ellas pueden instruirlos de como manejar este sistema, ademas ellas pueden en este momento subir toda la infomacion personal tal como sus datos, su foto o alguna otra informacion que deseen. Solo necesitan enviarles la informacion y listo.

• • • • • • • Primer curso.

Para dar tiempo a la estructuracion inicial de los cursos y propuestas sobre los temas. Deseo iniciar esta serie de exibiciones con el tema de sistemas dinamicos con especialidad en automata celular. Impartida en la Escuela Superior de Computo del IPN.

En dicho curso debo situar de manera simple los antecedentes de la teoria de automata celular, sus problemas fundamentales, etapas mas importantes, posibles aplicaciones en problemas no-lineales, clases morfologicas, construccion de patrones, nuestras contribuciones en el area y el estudio de una clase particular de automata celular con la capacidad de soportar particulas.

Los datos son:

Lugar: Escuela Superior de Computo del IPN.

Salon: 313.

Prof. Genaro Martinez (genaro@cinvestav.mx, 57296000 ext. 52028)

Horario: Inicia 11:00hrs termina 14:00hrs.

Dias: Jueves 24 de Agosto.

Nota: Con un receso a la mitad de las sesiones de 5 minutos. Habra cafe y galletas.

Como una vista rapida, pueden consultar mi pagina web (http://uncomp.uwe.ac.uk/genaro/) donde tengo material especializado en el estudio de automata celular y si surgen dudas especificas tambien podemos discutirlas en este peque&o seminario.

Como llegar a la ESCOM?

Pueden llegar a la ESCOM por varias rutas. Por el metro Politecnico caminando cerca de 10 minutos. El transporte interno del IPN (trolebus) pasa enfrente de la ESCOM. Por auto, pueden entrar por cien metros pasando el metro Politecnico en la entrada de la FORD. Tambien por atras de plaza torres o por el circuito interno del IPN. Otra referencia es que esta en frente del CIC (Centro de Investigacion en Computacion del IPN). Cualquier duda pueden escribirme un correo o hablarme por telefono.

La incorporacion de los alumnos de formacion en Biologia es muy importante, para el proyecto

Tambien es necesario empezar a tramitar los apoyos economicos (proyectos) en cada institucion. Meagan comenta que si es necesario enviar algun documento en especial desde el iGEM y puede ayudar a solicitar el apoyo, solo debemos solicitarlo una vez que las tramites son iniciados.

-Genaro

Saludos,

En la ultima visita que tuvimos con Meagan debemos avanzar en algunos tramites iniciales.

Una de las actividades que debemos realizar es participar en las presentaciones de los proyectos que se realizaran en el MIT para el proximo mes de noviembre.

De acuerdo, nuestro grupo todavia no tiene los avances suficientes para poder presentar un avance formal. Este hecho se lo hice conocer a Meagan en su visita, porque nuestro grupo de estudiantes e investigadores es en proceso de formacion y estructuracion.

Sin embargo, Meagan he resaltado la importancia que tenemos para asistir y participar con nuestros avances (propuestas y/o lineas de investigacion).

De esta manera les solicito anticipadamente preparen a sus estudiantes y profesores que puedan realizar el viaje a Boston para el proximo mes de noviembre. El evento debe ser durante la primera semana de noviembre.

Uno de los tramites mas tardados es el tramite de la VISA. Para este hecho Meagan me ha comentado que las personas que vayan a Boston y van a realizar el tramite de la VISA. Ella enviara cartas personales del proyecto iGEM para que las lleven a la embajada de los EUA y les den su VISA.

Por experiencia propia, este es un buen momento para sacar la VISA. Una carta de invitacion del MIT ayudara muchisimo para la autorizacion de la VISA.

-Genaro

Hola, a todos los miembros. La posible reunion que debemos tener se ha visto condicionada por la temporada de vacaciones en estos dias y algunos profesores y alumnos no estaran participando en esta reunion. De esta manera buscando que la reunion sea productiva para todos, quiza pueda ser realizada durante la primera semana de agosto, donde la mayoria ya estaran activos nuevamente. Comuniquenme por favor sus preferencias para situarla especificamente.

- Genaro

Que tal. Estuvimos algunos días sin red por algún defecto técnico pero parece que ya se arregló. Saludos a todos y en particular a Meagan. Genaro, para la próxima semana me parece que está bien la reunión por la mañana. Te confirmo por correo. :: Edgar ::

Recursos

Programación genética

Esta es una página que encontré acerca de programación genética, talvez pueda ser de utilidad para la generación de modelos de sistemas. Además hay un gran compendio recursos en ésta página.

[http://www.genetic-programming.org/ Programación genética]

Aquí hay un pequeño tutorial acerca del tema,

[http://www.genetic-programming.com/gpanimatedtutorial.html Tutorial Programación Genética]

-PabloB

Otros articulos parecidos

Encontre Una revista llamada Nature la cual al parecer se especialisa en biologia, tiene articulos interesantes sobre biologuia-computacion. Para tenr acceso a algunos articulos se nesesita tener membrecia que tal ves seria conveniente que alguna de las instituciones en el proyecto adquiriera.

Aqui les pongo la liga de una serie de articulos de los que les comente pero el acceso es gratuito.

[http://www.nature.com/nature/focus/futurecomputing/index.html NAture]

El articulo titulado "Can computers help explain biology?" es parecido al que comento genaro de Scientific American.

-Julio NAQ

Un artículo similar...

Encontre un artículo similar en la página de Scientific American que puede ser interesante. Esta es la liga [http://www.sciam.com/article.cfm?articleID=000D6682-91AE-146C-91AE83414B7F0000&ref=sciam&chanID=sa006 How to KILL the synthetic biology].

-PabloB

Saludos,

He visto un numero especial del Scientific American (edicion en espa&ol) del pasado mes de agosto. Donde tienen un reporte especial dedicado a biologia sintetica. Debe ser importante ver este articulo. Existen referencias directas al proyecto iGEM.

Scientific American - Investigacion y Ciencia

Biologia Sintetica

Grupo BIO FAB

pp. 14-21

Agosto 2006

PD. Para los alumnos de ESCOM y UPITA deben entregar un resumen escrita en latex de dicho articulo, lo pueden dejar con la profesora Rosaura o conmigo, a mas tardar el viernes de la proxima semana.

-Genaro

wiki

Hola a todos!!! HE detectado que hay personas a las que no les llega los correos que se envian del grupo, por favor revisen que los datos sean los correctos y si hay alguna modificacion, haganmelo saber a pauanana@gmail.com... --Pauana 00:01, 4 October 2006 (EDT)

Para poder hacer el perfil de cada uno de los miembros del equipo, y como apoyo para todos los que no tienen mucha experiencia trabajando en la computacion, pueden escribirnos a las direcciones de: pauanana@gmail.com, tgbermudez@hotmail.com y alesa@ciencias.unam.mx, para cualquier duda, o para mandarnos sus datos indispensables para crear su perfirl

--Pauana 01:33, 2 August 2006 (EDT)

OK, ESTAMOS EN PROCESO, Y PUBLIQ LA FECHA DE LA REUNION CON LOS ESTUDIANTES. --Tania Malfoy 10:43, 24 July 2006 (EDT)

Tania y Paulina, pienso que el orden de las fotos debe quedar en una linea de la siguiente manera. Primero la foto que se tomo en UPIBI, despues la de Pablo Padilla de la UNAM, despues la de Meagan y por ultimo la de UNAM. En la proxima semana debo reunirme con los profesores de UPIBI y debemos centrar temas que deberemos incorporar al wiki, ademas de que se deben ir preparando para ofrecer los apoyos necesarios a los integrantes del equipo. Por esa razon tiene que incorporar sus direcciones electronicas en sus perfiles del wiki y datos que son importantes para ponerse en contacto con ustedes. - Genaro

<< (^0^) HOLA A TOD@S, Y CLARO Q PUEDO AYUDARLE PROFESOR, NADAMAS MAND LAS FOTOS (JAJAJA)>> --Tania Malfoy 13:13, 17 July 2006 (EDT)

Ademas de subir las imagenes quiero enviarles a todos las fotos y los videos, solo que necestio subir el archivo de casi 100MB comprimido. En cuanto lo suba se los comunico y pondremos las fotos en el wiki, puedes ayudarme con esto Tania? - Genaro

MUCHAS GRACIAS MEAGAN, EN CUANTO LAS PASE GENARO LAS PONDREMOS JAJAJA Tania

Hola a todos- deben poner la foto del equipo en el wiki. Saben como hacerlo? Si necesitan ayuda, escribanlo en esta pagina y les puedo ayudar. ~Meagan